Das Spiel hat viele Einstellmöglichkeiten, so dass auch jeder Anfänger mit einem sehr einfachen Spiel mitmachen kann. Auch für die Experten gibt es Einstellungen, die sie an ihre Grenzen bringen können.

Die Spielfarben können von 2 bis 12 gewählt werden.

Es stehen 4 Spielarten zur Verfügung.
- Levelspiel (50 Level)
- Zufallslevel fest (Anzahl unbegrenzt)
- Zufallslevel Kombi (Anzahl unbegrenzt)
- Spiel laden

Es gibt 2-, 3- und 4-farbige Auswertungen, wobei standardmäßig die 4-farbige genutzt wird.

Zusätzlich gibt es aktivierbare Zusatzinfos, die hilfreich zum Lösen der Aufgabe sind.

Als maximale Versuchsanzahl können bis zu 50 Versuche festgelegt werden.

Es kann eine Zeitvorgabe für ein Spiel vorgegeben werden. Die Lösung muss dann innerhalb dieser Zeit gefunden werden.

Das Spielfeld besteht aus 25 Molekülfeldern mit je einer Farbkombination aus 2 Farben.

Der Computer gibt eine Feld- und Farbkombination einiger Felder vor, die entschlüsselt werden müssen. Dazu werden bestimmte Auswertungsergebnisse geliefert.

Das Standardspiel besteht aus 50 Leveln unterschiedlicher Schwierigkeit mit 2 Spielfarben.
In maximal 50 Versuchen gilt es die jeweilige Farbkombination des Levels zu entschlüsseln.

Neben dem Standardspiel können weitere Spielarten gewählt werden.

Je mehr Farben am Spiel teilnehmen, desto schwieriger wird es, die Farbkombination in max. 50 Versuchen zu entschüsseln.

Auf der rechten Seite des Spielfeldes werden die gesuchten Felder angegeben und hier kann auch jeweils der aktuelle Versuch eingegeben werden.

Auf der linken Seite werden die letzten 3 Versuchsauswertungen angezeigt. Man kann diese Versuche auch vor- und zurückscrollen.

Anhand der Auswertungen müssen dann logische Überlegungen für den nächsten Versuch berücksichtigt werden. Neue logische Farbkombinationen werden gesetzt und wiederum ausgewertet.

Wurde die korrekte Farbkombination der gesuchten Felder gefunden, wird eine Molekülformel ausgegeben.

Bei den Levelspielen wird zusätzlich ein Passwort ausgegeben, mit dem dann der nächste Level gespielt werden kann.

Wenn Level 50 gelöst wurde, erhält man ein Passwort, mit dem der Leveleditor freigeschaltet wird. Damit kann man dann beliebig viele eigene Level erstellen, speichern und spielen. Da bei eigenen Leveln auch die vom Computer zufällig generierte Farbkombination mitgespeichert wird, eignen sich auch eigene Level dazu, sich mit anderen zu vergleichen. Wer schafft den Level in den wenigsten Versuchen - in der kürzesten Zeit etc.

Der erste selbst erstellte Level, der bei uns eingeht (siehe Wettbewerb), wird hier veröffentlicht und zum Download bereitgestellt. Außerdem erhält der erste Einsender eine Urkunde als "MOLECULES OF LOGIC - SIEGER" und den Siegerpokal. Wirst Du Derjenige sein?

Die ausfühliche Anleitung ist im Benutzerhandbuch verfügbar.